发布者： 发布时间：2019-08-23 18:52:56

　1. 序列质量与方向
　　为确保DNA条形码序列的可靠性，序列拼接时，需对测序质量进行评估，去除测序结果两端的低质量部分。序列方向应与PCR扩增正向引物方向一致。

　　2. 序列拼接
　　应用CodonCode Aligner 2.06（CodonCode Co., USA）软件进行序列拼接及校对。首先，进行测序质量评估及预处理，即去除测序结果两端的低质量部分，并对剩余部分进行质量评估，如果满足质量要求，方可用于序列拼接。获得高质量序列后，对于ITS2序列，根据Hidden Markov Model (HMM)模型，去除序列两端5.8S和28S基因区，获得完整的ITS2基因间隔区序列；对于psbA-trnH，根据GenBank数据库中同科属物种psbA-trnH的注释，去除序列两端的psbA和trnH基因，获得完整的psbA-trnH基因间隔区；COI序列可直接进行后续分析。